Die Begabtenförderung erwartet exzellente Leistungen von ihren Stipendiatinnen und Stipendiaten. Dieser Exzellenzanspruch spiegelt sich auch in der Arbeit des Cusanuswerk e.V. wider. Die Bischöfliche Studienförderung will zu den Vorreitern im Bereich des Bildungsmanagements gehören und hat die Sicherung der Qualität von Auswahl, Förderung, Netzwerkarbeit und Verwaltung zu einer zentralen Querschnittsaufgabe gemacht.
Das Cusanuswerk wurde 2015 erstmals nach den hohen Maßstäben der renommierten „European Foundation for Quality Management“ (EFQM) evaluiert und mit dem Zertifikat „Committed to Excellence – 2 Star“ ausgezeichnet. Für die herausragende Qualität der Prozesse und Leistungen sowie für die zukunftsweisende Weiterentwicklung der Organisationsstruktur wurde das Cusanuswerk im Mai 2019 auf dem EFQM-Level „Recognised for Excellence – 4 Star“ zertifiziert.
Im Jahr 2024 hat sich das Cusanuswerk einer erneuten Prüfung durch die „Initiative Ludwig-Erhard-Preis e.V.“ (ILEP) unterzogen und wurde erfolgreich re-zertifiziert.
Die Bischöfliche Studienförderung Cusanuswerk ist zudem mit dem deutschen Excellence-Preis der Initiative Ludwig-Erhard-Preis – dem Ludwig-Erhard-Preis 2024 in Bronze – ausgezeichnet worden. Die Initiative kooperiert mit „Deutschland – Land der Ideen“, der gemeinsamen Standortinitiative von Bundesregierung und deutscher Wirtschaft, um Spitzenleistungen in Deutschland sichtbar zu machen. Den Preis erhalten seit 1997 Organisationen und Unternehmen in der Bundesrepublik Deutschland, die auf der Grundlage eines ausgereiften Qualitätsmanagements nachhaltig Spitzenleistungen erbringen.