Die Begabtenförderung erwartet exzellente Leistungen von ihren Stipendiatinnen und Stipendiaten. Dieser Exzellenzanspruch gilt auch für die Arbeit des Cusanuswerks. Die Bischöfliche Studienförderung will zu den Vorreitern im Bereich des Bildungsmanagements gehören. Sie hat die Sicherung der Qualität von Auswahl, Förderung, Netzwerkarbeit und Verwaltung zu einer zentralen Querschnittsaufgabe gemacht.
Das Cusanuswerk wurde 2015 erstmals nach den strengen Maßstäben der renommierten „European Foundation for Quality Management“ (EFQM) evaluiert und mit dem Zertifikat „Committed to Excellence – 2 Star“ ausgezeichnet. Für die herausragende Entwicklung der Qualität von Abläufen und Strukturen, Leistungen und langfristigen Wirkungen wurde das Cusanuswerk 2019 auf dem EFQM-Level „Recognised for Excellence – 4 Star“ zertifiziert.
Im Jahr 2025 hat sich das Cusanuswerk wieder einer intensiven Begutachtung durch die „Initiative Ludwig Erhard-Preis e.V.“ (ILEP) gestellt. Es hat dabei das ILEP-Spitzenlevel „Recognised for Excellence – 5 Star“ erreicht. Geprüft werden Kriterien wie Strategie und Führung, Dienstleistungen und gesellschaftsbezogene Wirkungen.
Die Bischöfliche Studienförderung Cusanuswerk ist zudem Trägerin des deutschen Excellence- Preises „Ludwig-Erhard-Preis 2024“ in Bronze. Der Preis wird von ILEP in Kooperation mit „Deutschland – Land der Ideen“ verliehen, der gemeinsamen Standortinitiative von Bundesregierung und deutscher Wirtschaft, um Spitzenleistungen in Deutschland sichtbar zu machen.